Eine allgemeingültige Begriffsbestimmung für »Ökosystem« gibt es nicht.

Es ist einerseits ein Fachbegriff der ökologischen Wissenschaften und beschreibt dort in etwa das Zusammenleben von mindestens zwei Organismen in ihrer Umwelt beziehungsweise ihrem Lebensraum (ekologia sistemo).

Im weiteren Sinn verwendet man »Ökosystem« auch für andere, zum Beispiel wirtschaftliche oder technische Systeme, die verschiedene interagierende Komponenten als Gesamtheit beinhalten und gut bestimmbare Verbindungen über die Systemgrenzen hinaus in die jeweilige Außen- (Um-)welt besitzen.

Ein Präfix »eko-« hat sich im Esperanto noch nicht durchgesetzt.